可分為兩種情形討論（相關法條附后）：
1.軟件可以分割使用 。比如99個XX游戲合集之類的軟件。
2.軟件無法分割使用。就一個程序，有人構思，有人寫代碼，有人做美工。第1種情形比較簡單，根據《計算機軟件保護條例》第10條所規定的“合作開發的軟件可以分割使用的，開發者對各自開發的部分可以單獨享有著作權”，此種情形下的“分配”是把合作開發軟件分割為若干部分，每個部分由相應的權利人（開發者或者受讓人）獨自享有屬于自身部分的著作權。第2種情形可以再細分為兩種：
2.1 合作開發者約定：著作權歸其中一方。這種情況下就滅掉了這個問題。
2.2 著作權由權利人（開發者或受讓人）共同享有。此情形下可以 a.“通過協商一致行使” or b.\"所得收益應當合理分配給所有合作開發者（或受讓人）“。
a.所謂的“協商一致”，就是約定優先原則，當事人可以按照比例進行協商來行使。
b.要是不能協商一致，那就遵循公平原則，即”任何一方不得阻止他方行使除轉讓權以外的其他權利，但是所得收益應當合理分配給所有合作開發者“。所謂的”合理分配“就是大家協商了，或者協商不成弄到法庭上，那就由法官來定了。著作權法
第十三條 兩人以上合作創作的作品，著作權由合作作者共同享有。沒有參加創作的人，不能成為合作作者。合作作品可以分割使用的，作者對各自創作的部分可以單獨享有著作權，但行使著作權時不得侵犯合作作品整體的著作權。著作權法實施條例
第九條 合作作品不可以分割使用的，其著作權由各合作作者共同享有，通過協商一致行使；不能協商一致，又無正當理由的，任何一方不得阻止他方行使除轉讓以外的其他權利，但是所得收益應當合理分配給所有合作作者。
計算機軟件保護條例（此為重點）第十條 由兩個以上的自然人、法人或者其他組織合作開發的軟件，其著作權的歸屬由合作開發者簽訂書面合同約定。無書面合同或者合同未作明確約定，合作開發的軟件可以分割使用的，開發者對各自開發的部分可以單獨享有著作權；行使著作權時，不得擴展到合作開發的軟件整體的著作權。合作開發的軟件不能分割使用的，其著作權由各合作開發者共同享有，通過協商一致行使；不能協商一致，又無正當理由的，任何一方不得阻止他方行使除轉讓權以外的其他權利，但是所得收益應當合理分配給所有合作開發者。
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軟件有兩種常見的著作權協議，分別是開源協議和閉源協議。
1. 開源協議：開源軟件協議是指允許軟件的源代碼公開并對其進行使用、修改和分發的許可協議。開源軟件通常以免費的方式提供給用戶，并且允許用戶對源代碼進行修改和改進。常見的開源協議包括GNU通用公共許可證（GPL）、MIT許可證、Apache許可證等。這些協議都保護了軟件的著作權，同時給予了使用者一定的權利，例如復制、修改和再分發軟件等。
2. 閉源協議：閉源軟件協議是指不公開軟件的源代碼，并對其使用、修改和分發進行限制的許可協議。常見的閉源協議包括商業軟件協議、共享軟件協議等。閉源協議下的軟件通常需要用戶支付一定的費用，以獲取軟件的使用權。閉源軟件不允許用戶查看和修改源代碼，只能按照協議約定的方式使用軟件。
這兩種著作權協議的主要區別在于源代碼的開放程度和使用、分發的限制。開源軟件允許用戶對源代碼進行自由修改和分發，有助于技術共享和社區合作；而閉源軟件則更注重商業利益和知識產權的保護，限制用戶對源代碼的訪問和修改。
可分為兩種情形討論（相關法條附后）：
1.軟件可以分割使用 。比如99個XX游戲合集之類的軟件。
2.軟件無法分割使用。就一個程序，有人構思，有人寫代碼，有人做美工。第1種情形比較簡單，根據《計算機軟件保護條例》第10條所規定的“合作開發的軟件可以分割使用的，開發者對各自開發的部分可以單獨享有著作權”，此種情形下的“分配”是把合作開發軟件分割為若干部分，每個部分由相應的權利人（開發者或者受讓人）獨自享有屬于自身部分的著作權。第2種情形可以再細分為兩種：
2.1 合作開發者約定：著作權歸其中一方。這種情況下就滅掉了這個問題。
2.2 著作權由權利人（開發者或受讓人）共同享有。此情形下可以 a.“通過協商一致行使” or b.\"所得收益應當合理分配給所有合作開發者（或受讓人）“。
a.所謂的“協商一致”，就是約定優先原則，當事人可以按照比例進行協商來行使。
b.要是不能協商一致，那就遵循公平原則，即”任何一方不得阻止他方行使除轉讓權以外的其他權利，但是所得收益應當合理分配給所有合作開發者“。所謂的”合理分配“就是大家協商了，或者協商不成弄到法庭上，那就由法官來定了。著作權法
第十三條 兩人以上合作創作的作品，著作權由合作作者共同享有。沒有參加創作的人，不能成為合作作者。合作作品可以分割使用的，作者對各自創作的部分可以單獨享有著作權，但行使著作權時不得侵犯合作作品整體的著作權。著作權法實施條例
第九條 合作作品不可以分割使用的，其著作權由各合作作者共同享有，通過協商一致行使；不能協商一致，又無正當理由的，任何一方不得阻止他方行使除轉讓以外的其他權利，但是所得收益應當合理分配給所有合作作者。
計算機軟件保護條例（此為重點）第十條 由兩個以上的自然人、法人或者其他組織合作開發的軟件，其著作權的歸屬由合作開發者簽訂書面合同約定。無書面合同或者合同未作明確約定，合作開發的軟件可以分割使用的，開發者對各自開發的部分可以單獨享有著作權；行使著作權時，不得擴展到合作開發的軟件整體的著作權。合作開發的軟件不能分割使用的，其著作權由各合作開發者共同享有，通過協商一致行使；不能協商一致，又無正當理由的，任何一方不得阻止他方行使除轉讓權以外的其他權利，但是所得收益應當合理分配給所有合作開發者。
如果是職務開發，并且簽了協議指明著作權歸公司，那么開發出來的軟件申請著作權只能歸公司所有。如果沒有簽署任何協議，建議你自己還是申請一個，公司裝傻的話，也會偷偷的把軟件申請著作權。如果著作權人是你，公司也要用，就只能轉讓。無償轉讓還是有嘗轉讓，就看你自己了。
軟件著作權人：對軟件享有著作權的單位和公民。 一般情況下，軟件著作權歸軟件開發者所有。軟件開發者通常是指進行實際的組織、開發工作，提供工作條件以完成軟件開發，并對軟件承擔責任的法人或者非法人單位；也可以是依靠自己具有的條件完成軟件開發，并對軟件承擔責任的公民。
1、合作開發：開發者共同享有（合同、協議的除外） （1）可分割：單獨享有權利；行使時不得侵害整體著作權； （2）不可分割：開發者協商一致行使權利。
2、委托開發：雙方合同約定，沒有限定合同的，權利歸開發者（受委托者）所有；上級部門或政府下達的任務，按同樣情況處理。 軟件職務作品的著作權屬于單位。
版權是歐美國家的說法，我國稱為著作權，二者的意思大體一樣，專利權需要當地的國家知識產權局申請。 要考慮的是你開發的軟件是否屬于職務作品。根據著作權法第十六條“公民為完成法人或者其他組織工作任務所創作的作品是職務作品，除本條第二款的規定以外，著作權由作者享有，但法人或者其他組織有權在其業務范圍內優先使用。作品完成兩年內，未經單位同意，作者不得許可第三人以與單位使用的相同方式使用該作品。 有下列情形之一的職務作品，作者享有署名權，著作權的其他權利由法人或者其他組織享有，法人或者其他組織可以給予作者獎勵： （一）主要是利用法人或者其他組織的物質技術條件創作，并由法人或者其他組織承擔責任的工程設計圖、產品設計圖、地圖、計算機軟件等職務作品； （二）法律、行政法規規定或者合同約定著作權由法人或者其他組織享有的職務作品。”即看你開發軟件是否主要是利用你公司所提供的物質技術條件創作（例如公司提供的資金，設備和資料），并且開發出來的軟件由他們承擔責任，如果是，那么就屬于職務作品，你有要求一定獎勵的權利。 更詳細的看我國的《計算機軟件保護條例》第十三條“自然人在法人或者其他組織中任職期間所開發的軟件有下列情形之一的，該軟件著作權由該法人或者其他組織享有，該法人或者其他組織可以對開發軟件的自然人進行獎勵： （一）針對本職工作中明確指定的開發目標所開發的軟件； （二）開發的軟件是從事本職工作活動所預見的結果或者自然的結果； （三）主要使用了法人或者其他組織的資金、專用設備、未公開的專門信息等物質技術條件所開發并由法人或者其他組織承擔責任的軟件。” 至于申請專利，如果屬于職務作品，那么根據我國專利法規定，你公司有權獲得職務發明創造的專利權，向知識產權局申請專利。
根據《中華人民共和國著作權法》第十七條受委托創作的作品，著作權的歸屬由委托人和受托人通過合同約定。合同未作明確約定或者沒有訂立合同的，著作權屬于受托人。 您的情況屬于沒有約定，著作權應歸屬于受托人即某部門。